માલેગાંવ બ્લાસ્ટ કેસના અન્ય એક સાક્ષી મુંબઈની સ્પેશિયલ એનઆઇએકોર્ટમાં હાજર થયો હતો અને તે તેના નિવેદનથી ફરી ગયા હતા. આ કેસમાં અત્યાર સુધીમાં કુલ 15 સાક્ષીઓ કોર્ટ સમક્ષ તેમના અગાઉના નિવેદનોથી પલટી ગયા છે.

29 સપ્ટેમ્બર 2008ની રાત્રે, લગભગ 9.35 વાગ્યે, માલેગાંવમાં શકીલ ગુડ્‌સ ટ્રાન્સપોર્ટ કંપનીની સામે બોમ્બ વિસ્ફોટ થયો. બ્લાસ્ટ એલએમએલ મોટરસાઇકલમાં થયો હતો. આ બ્લાસ્ટમાં 6 લોકોના મોત થયા હતા, જ્યારે 101 લોકો ઘાયલ થયા હતા. વિસ્ફોટ બાદ માલેગાંવના આઝાદ નગર પોલીસ સ્ટેશનમાં 30 સપ્ટેમ્બર 2008ના રોજ કેસ નોંધવામાં આવ્યો હતો.આ મામલો આતંક સાથે સંબંધિત હોવાથી મહારાષ્ટ્ર સરકારના આદેશ બાદ મહારાષ્ટ્ર એટીએસે આ મામલાની તપાસ હાથ ધરી હતી અને 21 ઓક્ટોબર, 2008ના રોજ એફઆઈઆરમાં યુએપીએ અને એમસીઓસીએની કલમો લગાવવામાં આવી હતી.

તપાસ દરમિયાન, 20જાન્યુઆરી, 2009ના રોજ મહારાષ્ટ્ર એટીએસે આ કેસમાં પ્રથમ ચાર્જશીટ દાખલ કરી હતી, જેમાં 11 લોકોની ધરપકડ કરવામાં આવી હતી અને ત્રણ લોકોને ફરાર બતાવવામાં આવ્યા હતા. એટીએસએ આ કેસમાં 21 એપ્રિલ 2011ના રોજ પૂરક ચાર્જશીટ દાખલ કરી હતી.

1 એપ્રિલ 2011ના રોજ કેન્દ્રીય ગૃહ મંત્રાલયના આદેશ બાદ માલેગાંવ બોમ્બ બ્લાસ્ટની તપાસ એનઆઇએને સોંપવામાં આવી હતી. એનઆઇએએ તેની તપાસ દરમિયાન 13મે, 2016ના રોજ ચાર્જશીટ દાખલ કરી, જેમાં લગભગ 6 લોકોનું વર્ણન કરતા કહ્યું કે તેમની વિરુદ્ધ કોઈ પુરાવા મળ્યા નથી. તેમાં પ્રજ્ઞા સિંહ ઠાકુર, શિવ નારાયણ કરસાંગરા, શ્યામ ભંવર લાલ સાહુ, પ્રવીણ ટકલ્કી, લોકેશ શર્મા અને ધનસિંહ ચૌધરીનું નામ હતું. એનઆઇએએ એમ પણ કહ્યું હતું કે આ કેસમાં એમસીઓસીએનો ઉપયોગ કરી શકાય નહીં. આ પછી આરોપીએ જામીન માટે અરજી કરી, ત્યારબાદ કર્નલ પુરોહિત અને પ્રજ્ઞા સિંહ ઠાકુર સહિત અન્ય આરોપીઓને જામીન મળી ગયા.

નોંધનીય છે કે એટીએસ શરૂઆતમાં માલેગાંવ બ્લાસ્ટ 2008 કેસની તપાસ કરી રહી હતી, જ્યારે આ સાક્ષીઓની જુબાની નોંધવામાં આવી હતી. આ કેસમાં અત્યાર સુધીમાં 220 સાક્ષીઓના નિવેદન કોર્ટમાં નોંધવામાં આવ્યા છે. આજે 15મો સાક્ષી તેની જુબાનીથી ફરી ગયો હતો.